最后在双藏大军的联手设伏下，弥彦陨落，初生的晓覆灭了。但团藏又没把事情做干净，长门靠着轮回眼的力量带着小南突围逃走了，结果他又给木叶竖了一个不共戴天的死敌。

后来木叶与岩隐的战事陷入胶着，越来越多年轻忍者献出了生命，为了避免牺牲继续扩大，三代火影向岩隐村递去了和平协定。团藏对日斩的做法很不满胜负未分，怎能停战？他反过来指责他，让之前付出的牺牲白费。日斩无言以对，毕竟他是火影，要为战果负责，为了给这场“付出巨大牺牲却没打赢”的战争一个交代，他辞去了火影一职。

这里团藏和日斩出现了政见不合，他看不惯村子内政外交上的妥协，一心想要变革。在推选下任火影的会议上，团藏想要推荐大蛇丸，大蛇丸虽然是日斩的徒弟，但他冷酷无情的做派和团藏是一致的。

不过日斩以“大蛇丸得不到人心”为由，态度强硬的否决了，并力保在战时缕立奇功的“黄色闪光”波风水门为火影。面对团藏“水门太年轻”的质疑，日斩表示自己退位后会持续指导他。

团藏被激怒了，你来指导新的火影？那木叶岂不要一直软弱下去。他和日斩的关系开始恶化，以至于后来九尾之乱发生，水门牺牲后，日斩重登火影之位，忍无可忍的团藏甚至策划了一次刺杀他的行动。然而面对团藏明目张胆的谋逆，日斩又一次原谅了他。他的原话是：“我的主义不允许我伤害更多人，这次事件不予追究。有光的地方必有黑暗，缺了哪一方世界都无法正常运转。”

这两句话颇有深意的话，就像是在暗示团藏：我的主义必须是仁慈的，正如这次放过你，而你可以成为我的另一面，放手去做我没有做的事。团藏听懂了，他说：“你是光，我是暗，一直如此。”这次刺杀，反而让他们二人重归于好，甚至是心照不宣，而接下来这对搭档面对的，就是最棘手的宇智波的问题了。

其实宇智波之所以会成为问题，又和团藏有很大关系。在此前的九尾之乱中，团藏曾勒令宇智波一族远离九尾，九尾之乱后，又让他们举族迁往村子外围。此举令宇智波族人的群情激愤，作为最初缔造木叶村的核心家族，如今竟遭驱逐，被当成敌人防备，他们明明什么都没做。但团藏的怀疑并非空穴来风，木叶村历史上发生过一次类似事件，那就是宇智波斑曾用写轮眼控制九尾入侵村子，在所有人的认知里，也只有写轮眼的力量能够操控九尾，任谁都会觉得宇智波和这事脱不了干系。

仅仅是让他们搬到远一些的地方，含蓄的进行监视，连他们警务部的职权都没有剥夺，已经比较宽容了。而九尾之乱的真凶的确是宇智波的人，只不过是在记录里早已死去的“不存在忍者”带土。

木叶和宇智波不信任的种子，早在千手时期就已经埋下，这次事件令其彻底萌芽，并在此后的数年里迅速成长。木叶越来越感到宇智波不安分，连村民都觉得他们飞扬跋扈宇智波也不负所望，历次集会都在谋划政变。其间有过两位开明的宇智波族人试图阻止这一切，就是止水和鼬。

他们是一个模子刻出来的挚友，都加入了木叶暗部。在宇智波第一次计划政变时，止水将消息汇报给了三代火影，并表示自己有办法阻止政变，那就是用他的写轮眼幻术别天神改变族长的意志。但一旁的团藏认为，这样做无法消除整个宇智波的祸心。日斩则说，只要止水能够争取一些时间，“今后我们善待宇智波一族，终有一天能平息他们的不满”。

日斩和止水似乎找到了解决问题的方法，但裂痕一旦产生便很难修复，宇智波只要敢反一次，像团藏这种人就不可能再信他们，为永绝后患，必斩草除根。而且止水所说的别天神，对团藏来说也是不能容许的存在，你能控制你们的族长，那岂不是也能控制火影、控制老夫？于是团藏将止水密召出来，意图夺取他的眼睛。

团藏到底是实力不济，先手偷袭下被止水瞪了一眼，便中了幻术。但止水大意了，他没想到团藏隐藏在绷带下的右眼竟是一颗写轮眼。团藏消耗掉这只眼睛发动禁术伊耶那岐，瞬间改写了身中幻术的现实，再度偷袭下夺取了止水的一只眼。埋伏在周围的根组织一拥而上，止水只能撤退。

关于团藏之前那颗写轮眼的来历并没有记录，但从中可以看出，团藏很久前就在觊觎写轮眼的力量，他急于灭掉宇智波一族，也有掠夺写轮眼的私心。失去一只眼的止水无法再用别天神阻止叛乱，于是他将另一只眼睛交给鼬，自杀了。宇智波一族因此士气受挫，推迟了政变，而鼬接过止水的使命，想要阻止家族和村子的冲突。

鼬以13岁的年龄成为暗部分队长，调入了团藏麾下。许多观众会奇怪，为什么鼬愿意帮团藏做事？其实鼬和团藏的理念是相似的，都信奉“忍者是在黑暗中支撑和平的无名者”，最本质的区别是鼬拥有团藏所欠缺的勇气，以及强大的实力。而团藏太弱了，只能用尽各种卑劣手段，最终还总是失败。

之后的几年里，宇智波一族不断扩充军力，直到最后鼬的父亲通知他参与政变，但在家族和村子之间，鼬选择了村子。

团藏听说后当即就要先发制人，诛灭宇智波一族，猿飞日斩没有赞同，也没有阻止。但仅凭团藏的根组织可打不过宇智波，于是他找来鼬，提出了一项交易：如果你能站在木叶这边，协助诛灭宇智波一族，那么你的弟弟佐助将会得到庇护。鼬别无选择，接受了这个条件。